عمده ترین تفاوت پیگمنتیشن با تاتو، در بهداشت کار است. میکروپیگمنتیشن به روشی کاملا استریل انجام می شود. دستگاه مورد استفاده برای میکروپیگمنتیشن، دارای کارتریج های یک بار مصرف است و ساختار دستگاه به نحوی است که امکان برگشت خون و لنف را به داخل دستگاه نمی دهد. این مورد بسیار امری مهم است. در صورتی که خون به داخل دستگاه برگشت کند، امکان انتقال آلودگی و بیماریهای مختلف از دیگران به فرد وجود دارد.
تفاوت دیگر میکروپیگمنتیشن با تاتو در عمق کاشت رنگ ها است. که در عمل تاتو، رنگ ها در عمق زیاد کاشته می شوند. گاهی اوقات دیده شده است که کاشت رنگ در عمق زیاد، باعث آسیب به ریشه مو می شود. لذا در منطقه ای که تاتو انجام می شود، مثلا ابروها، ریزش مو اتفاق می افتد. ولی در پیگمنتیشن، رنگ ها در عمق کمتری نسبت به تاتو جایگزاری می شود. این کار آسیبی به بافت زیرین پوست و موهای موجود در آن قسمت ندارد. علاوه بر آن امکان تغییر روی پیگمنتیشن راحت تر است.
در میکروپیگمنتیشن از رنگهایی استفاده می شود که تغییر رنگ رنگ کمتری را در پی خواهند داشت. اگر از رنگهای نامناسب استفاده شود، بعد از مدتی این رنگها کمرنگ می شوند و به رنگهای دیگری دیده می شوند.
یکی از مزایای میکروپیگمنتیشن نسبت به تاتوهای قدیمی این است که در پیگمنتیشن پیشرفته امروزی، از سوزن های بسیار ظریف استفاده می شود که باعث می شود فرد درد کمتری را حس کند و خونریزی نداشته باشد. تنها چند روز پر رنگی در محل وجود خواهد داشت که در مدت کوتاهی به حالت طبیعی و نرمال خود باز میگردد.
